El historial de enfrentamientos entre ambos equipos no es demasiado extenso, pero aún así Boca se impone con amplio margen a su próximo rival: en total se enfrentaron en 8 oportunidades, de las cuales el Xeneize ganó cinco, perdió una y las dos restantes terminaron en empate.
La primera vez que se cruzaron fue el 21 de marzo de 1954, en un partido amistoso que resultó 7 a 3 a favor del conjunto de La Ribera. Esa ocasión fue, además, la máxima goleada de Boca frente al equipo de San Juan. El último encuentro fue por el Torneo final 2013 , el 13 de Abril de 2014, y finalizó en una histórica goleada por 6 a 1 a favor del equipo sanjuanino.
